并非每位卵巢激素缺乏的更年期妇女都能用雌激素替代治疗。对有的人甚至应该禁用这种治疗,如乳腺癌、子宫内膜癌、黑色素瘤患者,肝、肾功能不全者,阴道出血原因未查清者,患系统性红斑狼疮者,近半年内曾有血栓栓塞性疾病的患者,还有少见的血卟啉症、耳硬化等,均不能应用雌激素,而脑膜瘤患者也禁用雌激素类药物。
另外,一些绝经后妇女接受雌激素替代治疗也要慎重,如子宫肌瘤和子宫内膜异位症患者。因为这些疾病的发生均与雌、孕激素有关,应用替代治疗后,子宫肌瘤和内膜异位症病灶有可能生长,故应在医生指导下权衡利弊,再做决策。如患者有严重的高血压、糖尿病,应在内科医生指导下,先控制好血压和血糖,再应用雌激素替代治疗也不迟。其他像患胆囊炎、癫痫、哮喘和有乳腺癌家族史的患者,应用雌激素替代治疗亦应慎重。